Müller var den første museumsinspektør på Thorvaldsens Museum fra dets åbning 1848 til sin død 1891. Han var fra 1838 beskæftiget med at katalogisere Thorvaldsens samlinger, og resultatet udkom 1847-50 i en række kataloger over de forskellige samlingsdele.
Sideløbende med sin ansættelse på Thorvaldsens Museum dyrkede han numismatikken og udgav flere store værker om oldtidens mønter. I 1865 blev han direktør for Mønt- og Medaljesamlingen.
Han boede 1830-34 på Borchs Kollegium i København.
Bror til maleren Adam Müller.
Müller er begravet på Assistens Kirkegård i København ved siden af sin bror.
Müllers grav, Assistens Kirkegård
Sidst opdateret 09.07.2020